S2 Magister Agama Katolik mendidik SDM dengan kompetensi lulusan sebagai berikut:

• Mampu mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang Pendidikan Agama Katolik melalui riset hingga menghasilkan karya yang inovatif, kreatif, dan teruji.
• Mampu memecahkan permasalahan di bidang Pendidikan Agama Katolik melalui pendekatan inter dan multidisipliner.
• Mampu mengelola dan mengembangkan bidang Pendidikan Agama Katolik yang bermanfaat bagi masyarakat, dan mendapat pengakuan secara nasional dan internasional.
• Mampu mempublikasikan hasil-hasil penelitian dan pengembangan Pendidikan Agama Katolik dalam jurnal nasional dan internasional yang terakreditasi.